兩年的苦戰使美、墨兩國都筋疲力竭,1847年1月13日美國與墨西哥簽署停戰協定,1848年2月2日簽署的瓜達盧佩.伊達戈爾條約(Treaty of Guadalupe Hidalgo),戰爭結束,美國向墨西哥支付1,825萬美元(相當於2000年中約六億三千萬美元),獲取上加利福尼亞(今美國加利福尼州,南方的半島仍屬墨西哥)、內華達、猶他的全部地區,科羅拉多、亞利桑那、新墨西哥和懷俄明等州的大部分地區、五十二萬多平方英里、即一百三十六萬多平方公里的土地主權。
蓄奴問題及聯邦政府權力與州政府權力問題成為1830年代之後歷次選舉的爭論議題。1860年是美國的大選年,林肯代表新成立的共和黨參加第十六任總統的競選。他的對手是民主黨的史提芬.道格拉斯(Stephen A. Douglas)。道格拉斯是伊利諾州的參議員,一向支持蓄奴合法,他在1854年推出《堪薩斯-內布拉斯加法案》,即兩州人民有權對奴隸制度的合法性進行投票自決,堪薩斯州和內布拉斯加州位於密蘇里協定界線以北,也就是打破三十四年前的君子協定。1860年11月總統投票結果,林肯獲得一百九十萬票,道格拉斯獲得一百四十萬票,其他兩名參選人共獲得一百萬票。林肯的得票主要來自北方自由州,全國303個選舉人票中,他獲得180票,南方十個州沒有一票投給林肯,十五個州的選舉人票沒有投給林肯。這次選舉,明確顯示了美國的分裂。
1860年年底,美國總統選舉後,南方的南卡羅林那州率先宣佈脫離聯邦。當時的總統布坎南沒有強烈行動阻止,等待次年一月林肯上任之後解決。隨後,喬治亞、阿拉巴馬、密西西比、佛羅里達和德克薩斯亦宣佈脫離聯邦。1861年2月9日,南方七州透過公民投票,宣布成立美利堅聯盟國(Confederate States of America,或稱「邦聯」),前任密西西比州參議員、戰爭部部長戴維斯當選邦聯總統。3月6日,林肯宣誓就職美利堅聯邦第十六任總統,4月17日新上任的總統林肯宣佈南方七州叛亂,徵召七萬五千人征伐叛亂。弗吉尼亞、北卡羅林那、田納西、阿肯色四州加入南方,南方邦聯的首都遷移到弗吉尼亞的里士滿(Richmond ),美國南北戰爭打響
南軍統帥羅伯特.愛德華.李(Robert Edward Lee),1807年出生於弗吉尼亞州,他的父親亨利.李三世是美國獨立戰爭的英雄,曾經當選弗吉尼亞州州長。1829年,羅伯特畢業於美國軍官學校,從此進入軍旅。1846至1848年美國.墨西哥戰爭期間,羅伯特表現卓越,促成了美軍多場勝仗。1852年擔任西點軍校校長,訓練過不少出色的美軍軍官。
北軍的著名統帥格蘭特將軍,1822年生於美國俄亥俄州一個小業主的家庭,1843年畢業於西點軍校,其後參加過美國.墨西哥戰爭,1854年退役。南北戰爭爆發後,格蘭特在伊利諾州協助政府招募並訓練軍隊,先後擔任志願軍的團長、旅長,在西部戰場作戰。1862年2月率軍攻克南軍的亨利堡及多納爾森堡,從此名聲大振,並升任少將。1862年4月在西羅之役(Battle of Shiloh)中重創南軍。其後在1863年7月再攻克南軍的要塞維克斯堡。1864年初被任命為聯邦軍總司令(即北軍總司令),率領北軍主力,在弗吉尼亞州境內與南軍統帥羅伯特.李決戰,南軍遭受重創。1865年4月2日攻克南部邦聯首都里士滿,李將軍被迫於4月9日向格蘭特投降,北軍鳴炮慶賀勝利,但隨即遭到格蘭特的制止,他說:「叛亂者現在又是我們的同胞了。」雙方隨後互致軍禮。內戰結束。